Шифр КФ (Классификация ферментов) или код фермента — это классификационный номер фермента по международной иерархической классификации. Принятая система классифицирует ферменты по группам и индексирует индивидуальные ферменты, что важно для стандартизации исследований.
Классификация ферментов основана и периодически обновляется Комиссией по ферментам (англ. Enzyme commission, отсюда термин «EC number», принятый в англоязычной литературе) при Международном союзе биохимии и молекулярной биологии. Каждый шифр КФ ассоциирован также с рекомендованным названием соответствующего фермента. Классифицировано более 3500 ферментов.
Принцип классификации
Классификация ферментов учитывает реакционную и субстратную специфичности ферментов, а не их белковую структуру. Шифр КФ определяет химическую реакцию, катализируемую ферментом. По этой причине аналогичные ферменты (иногда десятки) из различных организмов имеют один КФ, несмотря на структурные различия.
Иногда различные ферменты одного организма имеют один КФ. Например, панкреатическая липаза и печёночная липаза принадлежат обе к КФ 3.1.1.3 благодаря катализированию одной химической реакции (гидролиз эфирной связи в триглицериде), хотя первый фермент является ферментом пищеварения и работает в кишечнике, а второй относится к ферментам обмена липопротеинов в крови.
Существует база данных UniProt [1] , которая идентифицирует каждый белок по его первичной последовательности. Обе базы данных дополняют друг друга.
Формат шифра
Каждый классификационный номер содержит сокращение КФ и последовательность из четырёх чисел, разделённых точкой, и составляется по определенному принципу. Каждое последующее число представляет собой всё более и более уточняющую классификацию фермента. Так как база данных постоянно обновляется коды могут меняться и некоторые коды могут оставаться незаполненными.
Класс
Код первого уровня (первое число, может быть от 1 до 6) указывает номер одного из шести главных классов ферментов (см. таблицу Коды первого уровня).
Подкласс
Код второго уровня (второе число) означает подкласс, характеризующий основные виды субстратов, участвующих в данном типе химических реакций. Например, у трансфераз вторая цифра указывает на природу той группы, которая подвергается переносу, у гидролаз — на тип гидролизуемой связи и т. д.
Под-подкласс
Код третьего уровня (третье число) определяет более частные подгруппы (под-подклассы), отличающиеся природой химических соединений доноров или акцепторов, участвующих в данной подгруппе реакций. У гидролаз, например, эта цифра уточняет тип гидролизуемой связи, а у лиаз — тип отщепляемой группы и т. д. Первые 3 числа шифра точно определяют тип фермента.
Код четвертого уровня
Наконец, все ферменты, относящиеся к данному под-подклассу, получают свой порядковый номер (четвёртое число в шифре).
Например, глюкозоксидазе присвоен шифр КФ 1.1.3.4, что означает:
КФ 1 — Оксидоредуктазы
КФ 1.1 — Алкогольоксидоредуктазы
КФ 1.1.3 — Оксидоредуктазы, окисляющие группу CH-OH и восстанавливающие кислород.
КФ 1.1.3.4 — Оксидоредуктазы, окисляющие глюкозу в присутствии кислорода. Всего известно 3 глюкозоксидазы из разных организмов.
Коды первого уровня
Класс | Катализируемая реакция | Тип реакции | Важнейшие подклассы |
КФ 1 Оксидоредуктазы | Окислительно-восстановительные реакции. Перенос атомов H и O или электронов от одного субстрата на другой | AH + B → A + BH (восстановленный) A + O → AO (окисленный) | дегидрогеназа, оксидаза, пероксидаза, редуктаза, монооксидаза, диоксигеназа |
КФ 2 Трансферазы | Перенос функциональной группы от одного субстрата на другой. Это может быть метильная, ацильная, фосфатная группа или аминогруппа. | AB + C → A + BC | аминотрансфераза, фосфотрансфераза, C1-трансфераза, гликозилтрансфераза |
КФ 3 Гидролазы | Образование двух продуктов из одного субстрата в результате гидролиза. | AB + H2O → AOH + BH | эстераза, гликозил-гидролаза, пептидаза, амидаза |
КФ 4 Лиазы (синтазы) | Негидролитическое добавление или удаление группы к или от субстрата. Образование C-C, C-N, C-O или C-S связи. | RCOCOOH → RCOH + CO2 | C-O-лиаза, C-S-лиаза, C-N-лиаза, C-C-лиаза |
КФ 5 Изомеразы | Внутримолекулярная перестановка, то есть изомеризация молекулы субстрата. | AB → BA | эпимераза, цис-транс-изомераза, внутримолекулярная оксидоредуктаза и др. |
КФ 6 Лигазы (синтетазы) | Соединение двух молекул в результате синтеза новой C-O, C-S, C-N или C-C связи, сопряжённое с одновременным гидролизом АТФ. | X + Y+ ATP → XY + ADP + Pi | C-O-лигаза, C-S-лигаза, C-N-лигаза, C-C-лигаза |
История
Схема номенклатуры ферментов была впервые разработана в 1955 году, когда Международный конгресс биохимии в Брюсселе учредил Комиссию по ферментам (Enzyme Commission). Первая версия номенклатуры появилась в 1961 году и включала около 900 ферментов, в версии 1978 года было более 2000 ферментов. Версия 1995 года содержит более 3500 ферментов.
Другие работы по теме:
Классификация ядерных взрывов
1-классификация ядерных боеприпасов по мощности: -сверхмалые-мощность меньше 1 кт(кило тонна) -малые-меньше 10 кт -средние-от 10 до 100 кт -крупные-от 100 до 1000 кт
Ферментоподобные полимеры
Гидролиз сложных эфиров в присутствии имидазола. Полимерные катализаторы реакции гидролиза п-нитрофенилацетата. Общие направления имитации энзимов синтетическими полимерами. Каталитические свойства полимеров. Синтез полимеров. Экспериментальные данные.
Иммобилизованные ферменты
Сущность понятия "иммобилизованные ферменты". Главные преимущества иммобилизации. Типы связывания ферментов. Главные отличительные признаки химических методов иммобилизации. Применение иммобилизованных ферментов в производстве кукурузного сиропа.
Белки-ферменты
В каждой живой клетке непрерывно происходят сотни биохимических реакций. В ходе этих реакций идут распад и окисление поступающих извне питательных веществ. Клетка использует энергию, полученную вследствие окисления питательных веществ; продукты их расщепления служат для синтеза необходимых клетке органических соединений.
Программа учебной дисциплины "Биохимия"
Квалификационные характеристики, требования к знаниям и умениям специалиста-биохимика, выпускника специализированного высшего учебного заведения, область, объекты и виды его профессиональной деятельности. Содержание дисциплины, ее основные цели и задачи.
Программа дисциплины "Энзимология"
Требования к теоретическим знаниям и практическим умениям студента-выпускника кафедры биохимии высшего учебного заведения. Цели и задачи дисциплины "Энзимология", ее место в профессиональной подготовке специалистов. Содержание лекций и их проведение.
Остойчивость судна
МИНИСТЕРСТВО ОБРАЗОВАНИЯ И НАУКИ РЕСПУБЛИКИ КАЗАХСТАН КАСПИЙСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ ИНСТИТУТ ТЕХНОЛОГИЙ И ИНЖИНИРИНГА ИМ. Ш. ЕСЕНОВА Институт Морских Технологий
работа на тему: «сленг в интернете»
Аминова Л. В. Структурно-семантические особенности молодежного сленга в английском и французском языках : автореф дис канд филол наук / Л. В. Аминова; [Башк гос ун-т]. – Уфа, 2004. 18 с. Библиогр.: с. 18 (5 назв.). Шифр рнб: 2004-4/36970
Биотин (витамин Н)
Биотин формирует часть некоторых ферментных комплексов и необходим для нормализации роста и функций организма. Он играет ключевую роль в процессах обмена углеводов, жиров и белков.
Лирика Пастернака
Когда-то Марина Цветаева в полемическом пылу воскликнула: «Где человек, до конца понявший Пастернака?» И сама же пояснила: «Пастернак — это «тайнопись», «иносказание», «шифр». «Пастернака долго читать невыносимо от напряжения (мозгового и глазного), когда смотришь в чрезмерно острые стекла, не по глазу (кому он по глазу?).
Сине-красный лори
Введение 1 Внешний вид 2 Распространение 3 Образ жизни 4 Угрозы и охрана 5 Классификация Список литературы Введение Сине-красный лори[1] (лат. Eos histrio) — птица семейства попугаевых.
Амбоинский королевский попугай
Введение 1 Внешний вид 2 Распространение 3 Классификация Список литературы Введение Амбоинский королевский попугай[1] (лат. Alisterus amboinensis) — птица семейства попугаевых.
Нитехвостый кольчатый попугай
Введение 1 Внешний вид 2 Распространение 3 Классификация Список литературы Введение Нитехвостый кольчатый попугай[1] (лат. Psittacula longicauda) — птица семейства попугаевых.
Бурый лесной муравей
Введение 1 Описание 2 Распространение 3 Классификация 4 Молекулярная биология Список литературы Введение Бурый лесной муравей (лат. Formica fusca) — вид средних по размеру наземных муравьёв рода Formica из подсемейства Formicinae семейства Formicidae.
Компьютерная подготовка
Государственный Университет Управления Институт финансового менеджмента Лабораторная работа №1 на тему «Создание, дополнение и чтение файла данных»
Проектирование баз данных
Рассмотрение концептуального и логического проектирования базы данных, ER-модель. Фильтрация данных при проектирование приложений. Параметризованный запрос на выборку данных и его структура. Сложные формуляры и макеты отчетов, содержащие ФИО сотрудников.
База данных аттестационных ведомостей
Этапы создания централизованных баз данных, создание инфологической и концептуальной модели. Основы проектирования реляционных БД. Таблица метаданных, установление связи между наименованием сущности и наименованием атрибутов; определение ключа атрибута.
Проектирование баз данных
ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ ОБРАЗОВАТЕЛЬНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ ВЫСШЕГО ПРОФЕССИОНАЛЬНОГО ОБРАЗОВАНИЯ «КАЛИНИНГРАДСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ ТЕХНИЧЕСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ»
Классификация ноутбуков
Существует 2 основные системы классификации ноутбуков, которые дополняют друг друга Классификация на основе размера диагонали дисплея: 17 дюймов и более— «замена настольного ПК» (Desktop Replacement)
Лабораторная работа по Информатике 2
Лабораторная работа. Вариант1. 1. Разработать информационную подсистему "Зарплата" на языке SQL для автоматизации начисления почасовой заработной платы в бухгалтерии. База данных состоит из трех таблиц, содержащих сведения о работниках, ставки почасовой оплаты и табель отработанных часов.
по Информатике и математике
Ан А.В. 68 группа контрольное задание 1 МИНИСТЕРСТВО ЮСТИЦИИ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования
Технические основы компьютерной безопасности
Содержание. Введение……………………………………………………………. 2 Классификация подходов и их история: 1. Материальный(физический) подход………………………….... 3 2.Защитаинформации в процессе её передачи…………………... 3
Ферменты
Ферменты или энзи́мы (от лат. fermentum, англ. ensimo — закваска и ζύμη, zyme — дрожжи) — белковые молекулы или их комплексы, ускоряющие химические реакции в живых системах.
Катализаторы и ферменты
Катализатором, или ферментом (в случае биохимической реакции), называется вещество, помогающее протеканию химической реакции, но не изменяющееся в ходе нее.
Ферменты
Ферменты - белки, обладающие каталитической активностью. Ферменты являются функциональными единицами клеточного метаболизма.
Отто Варбург
Варбург, Отто Генрих (Warburg, Otto Heinrich) (1883–1970), немецкий биохимик и физиолог, удостоенный в 1931 Нобелевской премии по физиологии и медицине за открытие природы и механизма действия дыхательных ферментов.
Жак Моно
Французский биохимик и микробиолог, удостоенный в 1965 Нобелевской премии по физиологии и медицине (совместно с А.М.Львовым и Ф.Жакобом) за исследование процессов синтеза белка.
RSA алгоритмів кодування з відкритим ключем
Реферат на тему: RSA – алгоритмів кодування з відкритим ключем Перший алгоритм кодування з відкритим ключем (Public Key Encryption, далі PKE) було запропоновано Вітфілдом Діффі та Мартіном Хелманом у Стендфордському університеті. Вони, а також незалежно від них Ральф Меркл, розробили основні його поняття у 1976 році.